Olá Carla
O fato de as duas empresas terem o mesmo CNAE principal não garante automaticamente o mesmo tratamento previdenciário no Simples Nacional. O que define se haverá ou não INSS patronal (CPP de 20%) sobre o pró-labore é o anexo em que a receita está sendo tributada e a forma como a empresa está classificada no eSocial/folha. O CNAE 43.22-3-02 (instalação e manutenção de sistemas de ar-condicionado) pode, dependendo da atividade efetivamente exercida, ser tributado tanto no Anexo III quanto no Anexo IV da LC 123/2006. Se a empresa estiver no Anexo III, a CPP já está incluída no DAS e, no pró-labore, normalmente aparece apenas o INSS do sócio (11%).
Já se o sistema entender que a atividade está no Anexo IV, a CPP não é substituída pelo Simples e a empresa passa a recolher INSS patronal separado sobre folha e pró-labore. Por isso, mesmo com CNAEs iguais, é possível que uma empresa esteja sendo tratada como Anexo III e a outra como Anexo IV. Os CNAEs secundários da empresa Y não necessariamente causam isso diretamente, mas podem influenciar o enquadramento tributário, a parametrização do sistema ou a classificação da atividade perante o eSocial.
O mais importante é verificar no PGDAS em qual anexo cada receita está sendo tributada, além de conferir classificação tributária no eSocial, FPAS, código de terceiros e parametrizações da folha. Na prática, quando aparece INSS patronal no pró-labore dentro do Simples, quase sempre é porque o sistema entendeu que a CPP não está sendo substituída pelo DAS.
Espero ter ajudado.