Olá Ana
Hoje, com um faturamento de cerca de R$ 3.500 por mês, a fisioterapeuta se enquadra na nova regra de isenção do IRPF, ou seja, se atuar como autônoma e fizer corretamente o Carnê-Leão, na prática ela não pagaria imposto de renda, podendo ainda reduzir a base com despesas via Livro Caixa, porém, mesmo com essa vantagem, o maior problema não é o imposto, mas o fato de ela estar totalmente irregular, sem cadastro na prefeitura e sem emissão de nota, o que gera risco alto de fiscalização e cruzamento de dados.
Se ela abrir um CNPJ no Simples Nacional agora, mesmo com faturamento baixo, passaria a pagar algo entre aproximadamente R$ 200 a R$ 400 por mês, além de custos contábeis e obrigações acessórias, ou seja, aumentaria a carga sem necessidade nesse momento.
Portanto, a melhor estratégia hoje não é abrir empresa, mas sim regularizar como autônoma, passando a emitir nota, declarar corretamente e pagar INSS, mantendo uma carga tributária praticamente zero e reduzindo riscos; a migração para PJ só começa a fazer sentido quando o faturamento crescer (na faixa de R$ 6 mil a R$ 8 mil/mês ou mais), ou quando houver necessidade de expansão, parcerias com clínicas ou estrutura maior.
Espero ter ajudado.