Bom dia! Tudo bem?
O CNAE principal (Serviços de engrenharia), que pelo o que você relatou é o que está sendo efetivamente utilizado, é tributado na forma do Anexo V, sendo sujeita ao fator R e podendo ser tributada no Anexo III.
Algumas das atividade que você mencionou me parece se enquadrar em administração de obras, o que também segue a mesma regra do CNAE principal.
Com relação a segunda dúvida, o enquadramento nos anexos se dá pela atividade exercida dentre os CNAEs. O fato dele ter um CNAE do anexo IV, não o obriga ele se enquadrar no mesmo, a não ser que preste serviço de tal atividade, e, ainda assim a receita seria segredada cada qual com seu respectivo anexo.
