Olá Andre
Se o desenquadramento do MEI já foi solicitado, normalmente não faz sentido deixar o cliente quase um mês sem emitir nota apenas aguardando a conclusão da alteração na Junta Comercial. O CNPJ continua ativo durante a tramitação, e em muitos casos já é possível voltar a emitir no novo enquadramento, desde que a inscrição municipal ou estadual esteja liberada e a emissão seja feita corretamente como ME/EPP, e não mais como MEI.
O principal cuidado é verificar se o desenquadramento ocorreu por excesso acima ou abaixo de 20% do limite, porque isso altera os efeitos tributários e a retroatividade. Na prática, o maior risco costuma ser permanecer faturando sem documento fiscal. Então o ideal é revisar imediatamente a situação do desenquadramento no Simples, o status da IE/IM e a autorização de emissão na SEFAZ ou prefeitura para tentar reativar a emissão o quanto antes, mesmo com o processo ainda em tramitação na Junta.
Espero ter ajudado.
