Olá Drieli
Isso mesmo, solicite os extratos mensalmente e apure os rendimentos para incluir na base de cálculo do IRPJ, com base no regime de caixa.
O imposto é apurado conforme a receita efetivamente auferida, e os tributos incidentes devem ser pagos segundo o regime da empresa, no seu caso, Lucro Presumido.
Espero ter ajudado.