Olá José Carlos, tudo bem?
Sim, com contabilidade regular o MEI continua podendo ter isenção, e até pode ser mais vantajoso.
Sem contabilidade: a isenção fica limitada ao percentual de presunção sobre a receita bruta (8%, 16% ou 32%, conforme atividade).
Com contabilidade regular: se a escrituração comprovar um lucro maior que esse limite presumido, esse lucro também pode ser considerado isento na DIRPF.
Espero ter ajudado.
