Olá Fabiana, tudo bem?
Não necessariamente.
Os CNAEs que ele já possui (18.13-0/99 e 18.13-0/01) são de atividade industrial gráfica, e permitem a venda dos próprios produtos que ele fabrica. Nesse caso, não há obrigatoriedade de CNAE de comércio.
Porém, se ele passar a revender bíblias de terceiros (compradas prontas para revenda), aí sim será necessário incluir um CNAE de comércio varejista compatível, pois passa a existir atividade de revenda.
Espero ter ajudado.